Core

Numerical Aggregation Toolkit for Analysis of Lifecycles

种群遗传,聚合计算。

基于数值聚合的前向种群遗传模拟引擎。支持可配置的生命周期,用于研究基因驱动及其他种群遗传过程。

pip install natal-core
雌性与雄性两层种群张量,按年龄、基因型与自定义标签聚合更新基因型 × 标签年龄雌 / 雄

数值聚合

按年龄、性别、基因型与自定义标签组织种群,以各类群的数量进行聚合计算。

依次创建染色体、添加位点、定义各位点的等位基因,完成后循环演示 chr1chr2 A · aB · bC · c · r

可配置的遗传结构

定义染色体、位点及其等位基因,配置模型的遗传结构。

点突变

点突变 A a

可配置的遗传规则

通过预设配置遗传机制,包括点突变、homing 和 toxin-antidote。

连续演示多个 tick:初始全部为野生型,每个 tick 繁殖前释放转基因成虫;颜色随繁殖、生存和增龄延续,直到全部个体携带构建,再从头循环 释放 繁殖 生存 增龄

可配置的生命周期

配置繁殖、生存与增龄阶段,通过 hooks 在阶段前后加入释放等干预。

高性能计算引擎

使用 Python 配置模型,由 Rust 后端执行种群状态更新。

Python 模型配置流入 Rust 后端,生成模拟轨迹 Rust Python原生内核模拟轨迹

空间模型

在相互连接的局部种群间模拟迁移,观察基因驱动扩散与种群数量变化。

真实模拟循环回放,颜色亮度表示局部种群数量

对研究者与 AI agent 友好

链式 API、类型标注和示例,便于研究者与 AI agent 阅读、编写和修改模型配置。

链式配置依次高亮:设置初始状态、应用预设、构建种群 PopulationBuilder .initial_state(…) .presets(…) .build() Population